Herodotos, Enez’in ilk olarak MÖ 7. yüzyılda, İzmir’in kuzeyinde yerleşmiş olan Aioller tarafından kolonize edildiğinden söz etmektedir.

Enez’in mitolojik kurucusu ise Eneas (Aeneas, Aineias) olarak zikredilir.

Eneas, Troya’nın efsanevi kralı Priyamus’un yeğenidir. Söylenceye göre, Troya savaşı kaybedilince Eneas yaşlı babası ve çocuğuyla birlikte İda Dağı’na sığınır. Orada gemiler yaptırdıktan sonra denize açılır ve bugünkü Ainos’a gelerek orada bir kent kurar. Daha sonra yine denize açılan Eneas, önce Roma’yı, sonra Kartaca’yı kurmuştur. Bundan dolayı Ainoslularla Romalıların akraba oldukları söylenir.

Enez, Antik çağdaki en önemli limanlardan biriyken, şimdi kıyıdan yaklaşık 5 km içeride kalmıştır. Roma, Doğu Roma ile Osmanlının hüküm sürdüğü dönemlerde önemli bir yerleşim alanı olmuştur. Enez, büyük İskender İmparatorluğu döneminde daha da büyüdü. Büyük Roma İmparatorluğu zamanında, zengin bir liman kenti oldu. Orta çağda, Bizans İmparatorluğuna bağlıydı. Bir Bizans Prensesinin çeyizi olarak Cenevizlilere verildi. Cenevizlilerin burada kurduğu Derebeylik, 14.yüzyılda Osmanlı üstünlüğünü tanıdı. 15.yüzyılda genişleyip Semadirek ve İmroz adalarını kapsadı. İstanbul alındığında, Trakya’da alınmadık yer olarak sadece Enez kalmıştı. 1456’da Osmanlı komutanı Yunus Kaptan tarafından alındı. Ünlü gezgin Evliya Çelebi 17.yüzyılda, Enez’i gelişmiş bir liman kenti olarak tanıtır.